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[[Category:Software]][[Category:BiomolecularSimulation]]


VMD est un programme de visualisation moléculaire permettant d'afficher, d'animer et d'analyser de grands systèmes biomoléculaires à l'aide de graphiques 3D et de scripts intégrés. Voir  [https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ le site Web VMD].

== Version préinstallée ==

Pour activer les fonctionnalités graphiques, connectez-vous à une grappe avec [[VNC/fr|VNC]] en utilisant <code>ssh -X</code> ou <code>ssh -Y</code>. Nous recommandons VNC pour une meilleure performance.

La version par défaut est présentement <code>1.9.4a43</code>.
Pour l'utiliser :
{{Commands
|module load vmd
|vmd
}}

Pour plus d'information sur la commande <code>module</code>, voir [[Utiliser des modules]], qui décrit aussi comment trouver et utiliser les autres versions préinstallées.

== Installation de la version Alpha 1.9.4 ==

1. Téléchargez le dernier fichier ''tar'' Alpha 1.9.4 de [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD http://www.ks.uiuc.edu/]  en sélectionnant LINUX_64 (vous devez vous enregistrer).

2. Copiez le fichier dans le répertoire /home de la grappe que vous voulez utiliser.

3. Décompactez le fichier.

 tar xvf vmd-1.9.4*.opengl.tar.gz

4. Positionnez-vous dans le répertoire créé.

 cd vmd-1.9.4*

5. Créez deux nouveaux répertoires pour y enregistrer les fichiers.

 mkdir ~/vmd_install
 mkdir ~/vmd_library

5. Modifiez le fichier <code>configure</code> comme suit, en remplaçant chaque occurrence de  <code>your_user_name</code> avec votre propre nom d'utilisateur.

 # Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.
 $install_bin_dir="/home/your_user_name/vmd_install";
 
 # Directory where VMD files and executables are installed
 $install_library_dir="/home/your_user_name/vmd_library";

6. Lancez <code>configure</code> et <code>make</code>:

 ./configure
 cd src
 make install

7. Ajoutez l'exécutable créé au chemin.
 export PATH=~/vmd_install:$PATH

8. Utilisez <code>setrpaths.sh</code> pour modifier les exécutables VMD afin qu'ils utilisent les bibliothèques de CVMFS.
 cd ~/vmd_library/
 setrpaths.sh  --path .

Sous Mac, si la fenêtre est vide, essayez de lancer

 defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true

== Installation de plugiciels ==

Plusieurs plugiciels sont disponibles. Vous pouvez les installer dans votre propre espace.  
Dans l'exemple suivant, nous installons le [https://github.com/HuiLiuCode/CaFE_Plugin plugiciel CaFE],
avec les directives détaillées qui se trouvent dans [https://github.com/HuiLiuCode/CaFE_Plugin/blob/master/doc/manual.pdf cette page]&nbsp;:

 wget https://github.com/HuiLiuCode/CaFE_Plugin/archive/refs/heads/master.zip
 unzip master.zip
 cd CaFE_Plugin-master
 mv src cafe1.0
 mv cafe1.0 ~
 cd

Modifiez le fichier <code>.vmdrc</code> avec votre éditeur préféré (<code>nano, vim, emacs</code>, etc.) et ajoutez la ligne suivante&bnsp;:

 set auto_path [linsert $auto_path 0 {~/cafe1.0}]

Chargez ensuite le module <code>vmd</code> et tout autre module requis; le plugiciel CaFE devrait être disponible.

== Liens ==

* Webinaires WestGrid (en anglais)
** [https://www.youtube.com/watch?v=_skmrS6X4Ys Molecular visualization with VMD] 
** [https://www.youtube.com/watch?v=Jce5JN2fLuo Advanced VMD: Trajectories, movies, scripting]