[https://www.rdkit.org/ RDKit] est un ensemble d'applications pour la chimie computationnelle et l'apprentissage machine qui sont écrites en C++ et en Python.
__FORCETOC__
= Versions disponibles =
Les bibliothèques C++ et les interfaces Python sont disponibles via un module.
Pour connaître les versions disponibles, utilisez
{{Command|module spider rdkit}}
Pour l'information sur une version particulière, utilisez
{{Command|module spider rdkit/X.Y.Z}}
où X.Y.Z
est la version recherchée, par exemple 2024.03.5
.
= Interfaces (bindings) Python =
Le module contient des interfaces pour plusieurs versions de Python. Pour connaître les versions disponibles, utilisez
{{Command|module spider rdkit/X.Y.Z}}
où X.Y.Z est la version que vous voulez.
== Dépendance ==
Quand un autre wheel dépend de rdkit
, la dépendance doit être satisfaite.
1. Désactivez tout environnement virtuel Python.
{{Command|test $VIRTUAL_ENV && deactivate}}
Remarque : Si un environnement virtuel est actif, il est important de le désactiver avant de charger le module. Une fois le module chargé, activez à nouveau votre environnement virtuel.
2. Chargez le module.
{{Command|module load rdkit/2024.03.5 python/3.12}}
3. Vérifiez qu'il est visible par pip
avec
{{Command
|pip list {{!}} grep rdkit
|result=
rdkit 2024.3.5
}}
et que le module Python que vous avez chargé lui a accès, avec
{{Command|python -c 'import rdkit'}}
Si aucune erreur ne survient, le problème devrait être réglé.
{{Command|python -c 'import rdkit'}}
Si aucune erreur ne survient, tout va bien.
4. [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel|Créez un environnement virtuel]] et installez les paquets.
= Dépannage =
== Message ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit' ==
Ce message peut survenir si rdkit
n’est pas disponible.
ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'
Solutions possibles
* Vérifiez quelles versions de Python sont compatibles avec le module RDKit chargé avec module spider rdkit/X.Y.Z
. Une fois qu'un module Python compatible est chargé, vérifiez que python -c 'import rdkit'
fonctionne.
* Chargez le module avant d'activer votre environnement virtuel; voir [[RDKit/fr#Dépendance|Dépendance ci-dessus]].
Voir aussi [[Python/fr#Message_ModuleNotFoundError:_No_module_named_'X'|ModuleNotFoundError: No module named 'X']].