[https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT] est un programme d'alignement de séquences multiples pour des systèmes d'exploitation comme Unix. Il offre plusieurs méthodes d'alignement dont (précis, pour l'alignement de <∼200 séquences), FFT-NS-2 (rapide, pour l'alignement de <∼30,000 séquences), etc. == Nœud unique == MAFFT profite de cœurs multiples sur des nœuds uniques; voir https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/multithreading.html. '''Note''' : Au chargement du module, la variable d'environnement MAFFT_TMPDIR est fixée à $SLURM_TMPDIR/maffttmp. {{File |name=mafft_submit.sh |lang="bash" |contents= #!/bin/bash #SBATCH --time=24:00:00 #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --cpus-per-task=32 #SBATCH --mem=0 module load gcc/9.3.0 mafft mafft --globalpair --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK input > output }} == Nœuds multiples (MPI) == MAFFT peut utiliser MPI pour aligner un grand nombre de séquences; voir https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mpi.html. '''Note''' : Au chargement du module, la variable d'environnement MAFFT_TMPDIR est fixée à $SLURM_TMPDIR/maffttmp. Si vous changez de répertoire temporaire, il devra être partagé par tous les hôtes. {{File |name=mafft_mpi_submit.sh |lang="bash" |contents= #!/bin/bash #SBATCH --time=04:00:00 #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks-per-node=4 #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --mem=12G module load gcc/9.3.0 mafft-mpi srun mafft --mpi --large --globalpair --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK input > output }}