[[Category:BiomolecularSimulation]] == Généralités == La simulation biomoléculaireRon O. Dror, Robert M. Dirks, J.P. Grossman, Huafeng Xu, and David E. Shaw. "Biomolecular Simulation: A Computational Microscope for Molecular Biology." ''Annual Review of Biophysics'', 41:429-452, 2012. https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-042910-155245 est l'application de la simulation en dynamique moléculaire à la recherche biochimique. Parmi les processus qui peuvent être modélisés, on trouve le repliement des protéines, les liaisons médicamenteuses, le transport membranaire et les modifications conformationnelles essentielles à la fonction protéinique. La simulation biomoléculaire est considérée comme étant un sous-domaine de la chimie computationnelle; son champ d'action est cependant assez spécialisé pour que nous disposions d'une équipe d'experts dédiés. Consultez aussi la liste des ressources disponibles en [[Computational chemistry/fr|chimie computationnelle]]. == Logiciels == Les paquets logiciels suivants sont disponibles via avec nos ressources. * [[AMBER/fr|AMBER]] * [[GROMACS/fr|GROMACS]] * [[NAMD/fr|NAMD]] * [http://www.scd.stfc.ac.uk/SCD/44516.aspx DL_POLY] * [http://glotzerlab.engin.umich.edu/hoomd-blue/ HOOMD-blue] * [[LAMMPS]] * [https://openkim.org/ OpenKIM] (''Knowledgebase of Interatomic Models'') * [[OpenMM/fr|OpenMM]] * [https://www.plumed.org PLUMED], bibliothèque de code pour le développement relatif au calcul de l'énergie libre dans les simulations en dynamique moléculaire (voir aussi [[GROMACS/fr|GROMACS]]) * [https://www.rosettacommons.org Rosetta] * [https://swift.cmbi.umcn.nl/gv/dssp/ DSSP] * [[VMD/fr|VMD]] === Wheels Python === Calcul Canada offre des [[Available_Python_wheels/fr|wheels Python]] qui peuvent être installés dans des [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel|environnements virtuels Python]]; ces wheels sont très utiles en simulation biomoléculaire et dynamique moléculaire. La liste suivante contient une sélection des wheels les plus utiles, mais ne doit pas être considérée comme complète : * [[ACPYPE|ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE]] outil servant à générer des topologies de composés chimiques. * [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis], bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de dynamique moléculaires dans plusieurs formats. * [http://mdtraj.org/ MDTraj], qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats. * [https://biopython.org/ Biopython], ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques. * [https://foyer.mosdef.org/ foyer], paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force. * [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild], langage hiérarchique pour construire des molécules basées sur des composantes. * [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis], ensemble d’outils de manipulation et d'analyse des données de dynamique moléculaire. * [http://nglviewer.org/ nglview], collection d'outils en ligne pour la visualisation en moléculaire. * [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd], outil général pour l'analyse des systèmes biomoléculaires avec des paquets de simulation populaires. * [[PyRETIS]], bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonnage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication. Voyez [[Available_Python_wheels/fr#Wheels_disponibles|liste des wheels disponibles]] et la commande [[Python/fr#Wheels_disponibles|commande avail_wheels]] pour savoir ce qui est disponible. Si vous avez besoin d'autres paquets Python ou des versions plus récentes, [[Technical_support/fr|contactez le soutien technique]]. == Formation == Des ateliers de formation sont donnés par notre équipe nationale pour la modélisation et la simulation moléculaires; les dates seront annoncées à l'avance. Vous pouvez aussi prendre connaissance du matériel de formation par les liens suivants : # [https://computecanada.github.io/molmodsim-md-theory-lesson-novice/ Practical considerations for Molecular Dynamics] # [https://computecanada.github.io/molmodsim-vmd-visualization/ Visualizing Structures with VMD] # [https://computecanada.github.io/molmodsim-amber-md-lesson/ Running Molecular Dynamics with Amber on our clusters] # [https://computecanada.github.io/molmodsim-pytraj-analysis/ Analyzing Molecular Dynamics Data with PYTRAJ] ==Performance et étalonnage benchmarking== Le guide [https://mdbench.ace-net.ca/mdbench/ Molecular Dynamics Performance Guide] a été créé par une équipe [https://www.ace-net.ca/ d'ACENET]. Le guide décrit les conditions optimales pour exécuter aussi des tâches sur nos grappes avec AMBER, GROMACS, NAMD et OpenMM. == Références == [http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biophys-042910-155245 Biomolecular Simulation: A Computational Microscope for Molecular Biology]