[[Category:Software]][[Category:ComputationalChemistry]] ==Introduction== AMS (Amsterdam Modeling Suite), est la nouvelle appellation de [[ADF/fr|ADF]] (Amsterdam Density Functional) et fait partie de la suite [https://www.scm.com/ SCM Software for Chemistry and Materials]. AMS offre des outils très performants pour la recherche en chimie computationnelle, notamment dans les domaines de la catalyse (homogène et hétérogène), la chimie inorganique, la chimie des éléments lourds, la biochimie et différents types de spectroscopie. Tous les produits du module SCM sont disponibles : *ADF *ADF-GUI *BAND *BAND-GUI *DFTB *ReaxFF *COSMO-RS *QE-GUI *NBO6 ==Utiliser AMS sur Graham== Le module ams est seulement installé sur [[Graham/fr|Graham]] en raison de restrictions liées à l'octroi des licences. SHARCNET est propriétaire de cette licence qui est réservée aux centres de calcul universitaires; cette licence ne peut être utilisée pour des services de consultation ou pour tout autre usage de nature commerciale. Pour connaître les versions disponibles, lancez la commande [name@server $] module spider ams Pour les commandes en rapport avec les modules, voyez [[Utiliser des modules|Utiliser des modules]]. ===Soumettre une tâche=== Les tâches soumises sur Graham sont ordonnancées par Slurm; pour les détails, consultez [[Running jobs/fr|Exécuter des tâches]]. ====Exemples de scripts pour une tâche adf ==== Le script H2O_adf.sh utilise un nœud entier. {{File |name=H2O_adf.sh |lang="bash" |contents= #!/bin/bash #SBATCH --account=def-pi #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=32 # 1 node with all 32 cpus, MPI job #SBATCH --mem=0 # request all memory on node #SBATCH --time=00-01:00 # time (DD-HH:MM) #SBATCH --output=H2O_adf-%j.log # output .log file module unload openmpi module load ams/2024.102 export SCM_TMPDIR=$SLURM_TMPDIR # use the local disk bash H2O_adf.run # run the input script }} Le fichier en entrée ci-dessous est utilisé dans le script. {{File |name=H2O_adf.run |lang="text" |contents=#!/bin/sh # This is a shell script for AMS # You should use '$AMSBIN/ams' instead of '$ADFBIN/adf' AMS_JOBNAME=H2O_adf $AMSBIN/ams <module load ams # amsinput ===Gra-vdi=== Sur gra-vdi, AMS peut être utilisé interactivement en mode graphique avec TigerVNC, sans limite de durée. # [[VNC/fr#Configuration|Installez un client TigerVNC]] sur votre ordinateur. # [[VNC/fr#N.C5.93uds_VDI|Connectez-vous à gra-vdi.computecanada.ca]] avec vncviewer. # module load SnEnv # module load clumod # module load ams # amsinput